Druhá světová válka - Protektorát Čechy a Morava
Brzy po mnichovských událostech a návratu našich bratří z mobilizace byl ustaven 17. října 1938 Svaz občanské pohotovosti z tělovýchovných organizací. Předsedou zvolen ministr Dr. Bukovský (Sokol), místopředsedou br. F. Leiner (Orel), a poslanec Veverka (DTJ). Utvořením SOP vzniklo pracovní souručenství, představující sílu více než milionu organizovaných občanů, ukázněných a připravených kdykoliv čelit vnitřnímu i vnějšímu nepříteli.
V r. 1939 se zdálo, že nastanou klidnější časy, protože se Československá republika obětovala a přijala rozhodnutí velmocí z 29. září 1938 v Mnichově o připojení sudetských oblastí k Německu, aby byl zachráněn evropský mír.
Uvnitř 2. republiky přicházelo ke změnám v mnoha oblastech. Také v oblasti tělesné výchovy a sportu si přála nová vláda (předseda Rudolf Beran) co nejužšího soustředění tělovýchovné činnosti, neřekla však jasně, jak si to představuje. Sokol se nabídl, že je ochoten být nositelem sjednocovací akce se všemi atributy pravého sokolství. Čs. Orel se ohradil dne 8. ledna 1939 a vydal pamětní spis zpracovaný a podepsaný bratry Františkem Leinerem, náměstkem starosty a P. Karlem Fanfrlou, jednatelem Čs. Orla. Pamětní list byl zaslán prezidentu republiky Dr. E. Háchovi, kardinálu Dr. Kašparovi, všem členům vlády, čsl. episkopátu a národní radě československé. Obsahoval zdůvodnění, proč se orel nemůže slučovat s některým ze spolků s laickou morálkou a musí zůstat samostatným, aby vedl mládež k Bohu, církvi a národu.
Totéž stanovisko katolického Orla a zavedení jednotné státní tělovýchovné organizace Sokol v Jugoslávii.
V polovině března 1939 zasadilo hitlerovské Německo smrtelný sněm 14. března utvoření samostatného štátu, který se stal vasalem nacistického Německa. Zároveň Maďarsko obsadilo Podkarpatskou Rus. Prezident Dr. Emil Hácha se marně snažil vzdorovat tragickému vývoji. Nakonec při jednání s Hitlerem v Berlíně podlehl psychickému nátlaku a 15. března 1939 podepsal souhlas s okupací českých zemí hitlerovskými vojsky. Adolf Hitler vstoupil jako vítěz na pražský hrad a 16. března 1939 podepsal výnos o zřízení Protektorátu Čechy a Morava.
Prezidentem protektorátu zůstal Emil Hácha, protektorát měl i svou vládu. Skutečnou moc nad celým územím však vykonával říšský protektor, jímž byl jmenován Konstantin von Neurath a státní sekretář, kterým byl po celou dobu trvání protektorátu fanatický sudetský Němec, Karl Herman Frank.
Zpočátku se život v protektorátu odvíjel klidně, ačkoliv již v prvních dnech proběhla první vlna zatýkání. Česká společnost v sobě znovu objevila silné vlastenecké zaujetí. Brzy propukly však i masové protesty, které vyvrcholily 28. října, při nichž byli zastřeleni dělník V. Sedláček a vysokoškolský student Jan Opletal, jehož pohřeb dal nacistům podnět k perzekuci českého studentstva a uzavření českých vysokých škol 17. listopadu 1939.
Zřízení slovenského státu znamenalo konec Orla na Slovensku a Podkarpatské Rusi. Češi byli ze Slovenska vypovězeni a stěhovali se domů, do Němci zřízeného protektorátu. loučení nebylo bratrské, bylo však bez krve a v pořádku. V Trnavských novinách o tom napsal 26. března 1939 P. Alexej Izakovič člen krajinské rady Orla na Slovensku: Češi odcházejí. Propouštíme je s vyslovením díků za to dobré, co vykonali a odpouštíme to větší zlo, které mnozí z nich zde spáchali. V poslední díváme jako na své budoucí sousedy a slovanské bratry. Chceme žít v pokoji s každým i se slovanskými Čechy. Slovenská republika oceňuje kladné hodnoty českého národa, který bude vítán i v budoucnosti. Nás nevede zlost a chceme věřit, že bez zlosti budou odcházet i oni, neboť slovenský národ není vinen tím, co se stalo. Odcházejícím Čechům podáváme ruku a voláme: S Bohem a na shledanou na poli vzájemné spolupráce".
V protektorátě Orel hned nebyl zrušen, ale rozpustit branné oddíly a odevzdat zbraně, které byly vydány jednotám k brannému výcviku, bylo nařízeno výnosem ministerstva vnitra ze dne 29. března 1939, čís. 17.281. Tím byla branná výchov v Orle ukončena.
Druhá světová válka - zákaz Orla německými nacisty
Ukončena akce slučování tělovýchovy v Sokole. 16. září 1939 bylo přijato usnesení výboru Národního souručenství, že organizační samostatnost čtyř tělovýchovných svazů České obce sokolské, DTJ, Orla a skautského Junáka zůstává zachována. Orel znovu zvítězil. Orel začal žít po svém.
Br. Hanuš konstatuje, že orelstvo se zachovalo jako nerozborný kádr a duch, který orelské jednoty a členstvo udržoval v pohotovosti a na stráži, překoval ve věrnosti orelským ideálům celou zlou dobu, byl vpravdě orelský, pevný a nezlomný.
Osvětová rada vydala již v lednu 1939 pokyn župám a jednotám, aby uspořádaly druhý běh osvětové školy. Br. V. Jílek, náčelník Orla, píše o tom: Nehleďte na okolnosti, pracujte klidně dál! Vykonejte co nejvíce pro blaho svých bližních, pro rozkvět milovaného národa a pro spásu svých duší. Lidský soud může dočasně i rozhodnout proti nám, nikdy však nemůže vyrvat dobrým apoštolům vlajku boje za vítězství kříže v našem národě.